İçişleri Bakanlığı Afet ve Acil Durum Yönetimi Başkanlığı (AFAD)'ın internet sitesinde yer alan açıklamasında şu görüşlere yer verildi:

"1953’den beri deprem gözlem ve araştırma faaliyetlerini bilimsel olarak yürüten Deprem Dairesi’ni bünyesinde bulunduran AFAD, Kanal İstanbul Projesi’nin defaatle depremle ilişkilendirilmesi nedeniyle kamuoyunun doğru bilgilendirilmesi için açıklama yayımlamak gereği duymuştur. Projenin, yapılması planlanan bölgeye atfedilen deprem tehlike ve riskleri gerçeği yansıtmamaktadır. Hayata geçirilme çalışmalarıyla birlikte gündeme sıklıkla getirilen Kanal İstanbul ve deprem ilişkisine atfedilen deprem tehlike ve riskleri doğru değildir. İlk olarak Kanal İstanbul Projesi’nin farklı derecelerde deprem bölgelerinde yer aldığı iddia edilse de bilimsel gerçek oldukça farklıdır. Bilimsel ve teknolojik gelişmeler sayesinde yer altına ait veriler daha iyi analiz edilmektedir. Bu çerçevede 2018 yılında yayımlanan Yeni Türkiye Deprem Tehlike Haritası ile ‘derece’ ve ‘bölge’ kavramları artık kullanılmamaktadır. Yeni haritamıza göre deprem tehlikesi, koordinatlarına göre, nokta bazlı olarak, en büyük yer ivmesi değerleri ile belirlenmektedir. Ülke çapındaki tüm yapı üretimleri ile projelerin, bu noktasal değerler baz alınarak gerçekleştirilmesi yasal bir zorunluluktur. İkinci olarak, Kanal İstanbul güzergahı boyunca fay hatları olduğu, yeryüzü ve yeraltı gerilme dengelerini bozarak yeni depremlerin davet edileceği vb. iddialar bilimsellikten tamamen uzaktır" 

Kanal İstanbul güzergahı boyunca kayda değer diri bir hattın bulunmadığı belirtilen açıklamada, "Bilindiği gibi ülkemizde deprem üreten veya üretebilecek faylar, yetkili kurum olan MTA Genel Müdürlüğü tarafından çalışılmakta ve haritalanmaktadır. İlgili kurum ve kuruluşların çalışmalarında bu haritalar baz alınmaktadır. 2013 yılında güncellenen Türkiye Diri Fay Haritası’nın İstanbul bölümüne bakıldığında, Kanal İstanbul güzergahı boyunca kayda değer bir depreme neden olacak diri fay bulunmamaktadır. Ayrıca bahse konu yapılacak kanal çalışmalarının fayları tetiklemesi ile ilgili tartışmaların hiçbir bilimsel bir dayanağı yoktur. Son olarak projenin deprem tehlike ve risklerini arttırdığı iddiasının da bilimsel gerçeklikle ilgisi bulunmamaktadır. Deprem tehlikesini oluşturan faktör, diri fay hatlarıdır ve ülkemizdeki diri fay hatları da bilinmektedir. Dolayısıyla bilinen fay hatları bağlamında tehlikenin artması ya da azalmasından söz etmek yer bilimlerine göre mümkün değildir. Risk; can, mal, ekonomik ve çevresel zararlar ile ilgili olup, mevcut yasalar, yönetmelikler ve özellikle 1 Ocak 2019’da yürürlüğe girmiş olan Türkiye Bina Deprem Yönetmeliği kapsamında üretilen ve projelendirilen yapıların yeni riskler yaratması söz konusu değildir," denildi.