İyonyalılar, antik Yunan felsefesine ait, farklı ve genellikle birbirlerine karşıt geleneklere sahip pek çok okuldan biriydi. Ne yazık ki, İyonyalıların doğaya bakış açıları genel yasalar aracılığıyla açıklanabilen ve bir dizi basit ilkeye indirgenebilen görüşleri yalnızca birkaç yüzyıl boyunca etkili olabildi Bunun nedenlerinden biri, İyonya kuramlarının özgür irade, amaç veya Dünya’nın işlerine karışan Tanrılar kavramına yer vermemeleriydi. Bunların savsaklanması o zamanın çoğu Yunan düşünürü için son derece ürkütücü idi, tıpkı günümüzde bir çok insan için olduğu gibi. Bu yüzden Aristoteles atomcu görüşü reddetti, çünkü insanların ruhsuz ve cansız maddelerden meydana gelmiş olmasını kabul edemiyordu. İonyalıların insanın evrenin merkezinde olmadığı savı, Kozmos’u anlamamızda bir dönüm noktası olmuştur. Ancak bu görüş Galileo Galilei’ye kadar, neredeyse iki bin yıl boyunca bir kenara bırakılacaktır.
Platon’un öğrencisi Aristoteles (MÖ. 384-322 ), klasik çağın komple bir bilimcisi, ansiklopedisti ve araştırma mesleğinin kurucusu olup, antik yunan bilginleri içinde en ünlüsü ve büyüğü idi. Onun her konudaki fikri ve felsefesi o kadar güçlüydü ki ortaçağ boyunca kilise okullarında tartışılmadan öğretildi. Çünkü zamanla Hristiyanlık diniyle de birleştirilerek kutsallık kazandırıldı ve tartışılmaz bir hal aldı. Bilindiği gibi, 476’da Büyük Roma İmparatorluğu çökmüş ve Hristiyanlık imparatorluğun resmi dini olmuştu. Tek kitap önemli idi: İncil. İlk Hristiyan düşünürlerinden biri olan Jaint Augustiner (354-430) meseleyi şu şekilde ortaya koymuştu: “Hakikat, el yordamıyla aranan insanların yürüttüğütahminlerden çok, Tanrı’nın vahyettiğindedir”. Böylece el yordamıyla bilgi edinmeye çalışan bilim insanlarına artık yer yoktu. Çünkü onlara göre, Antik dönemin bilginleri, doğa bilimlerinde, evren hakkında, tıpta ve felsefede bilmeye değer ne varsa her şeyi keşfetmişlerdi. İyi bir bilim insanı olmak için Aristoteles’i ve hekim olmak için de Galen’i öğrenmek yetiyordu. Hristiyanlık çağının ikinci bin yılının gelmesiyle birlikte keşifler de hızlandı. İlk Hristiyan filozoflardan olan Aquino’lu Aziz Thomas (1225-1274) en büyük Ortaçağ İlahiyatçısıydı. Aristoteles’e büyük bir hayranlık duyardı. Hristiyanlık düşüncesini Aristotelesçi bilim ve felsefeyle birleştiren isim oldu. Aristoteles, Galen, Batlamyus ve Öklid’le birlikte karanlık Ortaçağ düşünce biçimini şekillendirdi. Bunları yapanlar, yani Hristiyanlık dinsel inancıyla, eski Yunan metafiziğini birleştirip Skolastik (değişken, rastlantısal) dediğimiz dogmaları ortaya koyanlar, bilimin gelişmesine de en büyük engeli oluşturmuş oldular.
Eğer Kilise dogmaları, Güneşin dünya çevresinde döndüğünü, yıldızların birer tanrısal varlık olduğunu söylüyorsa, siz de buna inanmak zorundasınız. Tanrı nasıl yanılmazsa, gün nasıl doğuşunu şaşırmazsa, din de öyle yanılmaz sanılıyor. Çok açık biçimde bilindiği gibi, Kilise yer merkezli evren görüşünü, İsa’nın öğretisinden değil, Yunan düşüncesinden almıştır. Elbette bu yanlış bir görüştü. Bu yanlış görüşün düzeltilmesi sırasında çok insanın canı yandı. İtalyan filozofu Giordane Bruno (1548-1600) ateşte yakılır, Galileo Galilei (1564-1642 ) ömrünün bir kısmını zindanlarda geçirmek zorunda kalır. Yalnız ne var ki, Batı dünyası bu yanlış görüşleri Skolastisizmin son dönemiyle, Rönesans arasında aşmasını bilmiş, bilimsel çağı başlatmış, Aydınlanmanın yolunu açmıştır. Bu karanlıktan nasıl çıkılmış? buna ilerde değineceğiz ( Bruno,2004;Tekeli, 2001) .
